Кто как бекапит?
Фризите ли вы контейнер перед бекапом?
Выключаете/включаете?
Есть ли базы данных внутри контейнеров?
Есть ли у вас контейнеры на btrfs томах?
У меня есть контейнеры, которые являются btrfs-subvolume от других контейнеров, как вы бы их бекапировали?