Стандартный ответ

lsof | grep deleted

глазами предлагали? руками? палкой потыкать?

К сожалению, в выводе только это:

nmbd       1613             root    2w      REG                9,0      5817    2894557 /var/log/samba/log.nmbd.1 (deleted)
nmbd       1613             root    8w      REG                9,0      5817    2894557 /var/log/samba/log.nmbd.1 (deleted)

И даже, если убить самбу - места больше не становится.

Пробовали. Руками\глазами - выходит, что занято 100гигов.

А df -h утверждает, что 200. И по факту 200 и занято. Лишние логи, файлы сносились. Может ли что-то резервировать под себя место в таком объеме? Какие-либо квоты?

Перезагружать пробовал? :) Некоторые сносят логи, когда в них пишет некий процесс, места не прибавляется — т.е. пока дескрипторы открыты, это не поможет :)

Пробовал, к сожалению всё так и остается :(

Уже подумываю о переустановке системы, видимо это так и останется тайной, куда подевалось место. :(

Куча мелких файлов? Если кластер ФС 4Кб, а файл 1Кб, то на диске он будет занимать 4Кб. Поэтому при подсчёте занятого места могут быть расхождения.

А это, кстати, хорошая мысль. Спасибо за наводку!

Буду неоригинален и посоветую сделать fsck - с live-образа или еще как нибудь, но обязательно на отмонтированном или смонтированном в R/O разделе

На сервере

На сервере или на виртуалке/контейнере?

cd /
du -smxc * .[a-zA-Z0-9]* | sort -n

Может ли что-то резервировать под себя место в таком объеме? Какие-либо квоты?

Квоты не затрагивают рута, ЕМНИП. А вообще посмотри quotactl

ncdu от юзера запускал? логов может много насрать, которые не анализируются, из-за прав доступа.

какая фс ?

ncdu от рута запускал

ext4