Выпущена первая альфа-версия OOChemistry

оно умеет как-то взаимодействовать с mopac, molden?

>оно умеет как-то взаимодействовать с mopac, molden?

molden - программа для 3D-визуализации, а мое расширение в данный момент поддерживает только «плоские» структурные формулы. В следующую версию будет добавлена возможность импорта трехмерных изображений через Jmol - а он вроде как умеет читать молденовские файлы. Непосредственная интеграция с молденом вряд ли будет реализована - он написан на Фортране 77, а я с этим языком не дружен:) В любом случае, можно экспортировать структуру в XYZ-формат

mopac, насколько я знаю - это полуэмпирические расчеты. Если Jmol сможет прочитать файл - будет работать, если нет, надо открыть чем-нибудь другим (Avogadro например) и экспортировать в xyz (или вытащить координаты вручную)

Очередная идиотская попытка подсунуть вместо латеха какую-нибудь лажу.

>Очередная идиотская попытка подсунуть вместо латеха какую-нибудь лажу.

Делай на латехе, а я буду смотреть на тебя и ржать над твоими бесплодными попытками

могу даже предложить квест: 1)откопай химтех (он RIP) 2)настрой его 3)нарисуй витамин B12 4)запости пруфпик

Я не химик, но всякие фейнмановские диаграммы рисовал в xypic, и простенькие формулки набирал в нем же.

>всякие фейнмановские диаграммы

ну так это ж разные вещи. В диаграмме Фейнмана структура понятна и не меняется коренным образом. А вот что может произойти с ТеХ-представлением сложной химической структуры, если я захочу порвать связь в цикле, да представить страшно

Можно же делать, как и диаграммы:

$$\xymatrix{
&&&&&\\
&&&&&\\
&&&&&\\
&n&\ar[u]_Y&p&&\\
&&&&&\\
\Sigma^-\ar@{.}'[uur]'[uurrr]|{+1}'[rrrr]
\ar@{.}'[ddr]'[ddrrr]|{-1}'[rrrr]&&0\ar@{-}[uu]\ar@{-}[dd]\ar@{-}[ll]
\ar@{-}[rr]&&
\Sigma^+\ar[r]^{T_z}&\\
&&&&&\\
&\Xi^-&&\Xi^0&&\\
}\hspace*{-2cm}
\xymatrix{
&&&&&&\\
\Delta^-\ar@{.}[rr]\ar@{.}[rdd]&&\Delta^0\ar@{.}[r]&1\ar@{.}[r]\ar[u]
_Y&\Delta^+\ar@{.}[rr] &&
\Delta^{++}\ar@{.}[ldd]\\
&&&&&&\\
{}_{-3/2}\ar@{-}[r]&\Sigma^{*-}\ar@{-}[rr]\ar@{.}[rdd]&&\;\Sigma^{*0}\!\!
\ar@{-}[rr]\ar@{-}[uu]\ar@{-}[dd]&&\Sigma^{*+}\ar[r]^{T_z}\ar@{.}[ldd]&\\
&&&&&&\\
&&\Xi^-\ar@{.}[rdd]&-1\ar@{-}[dd]&\Xi^{*0}\ar@{.}[ldd]&&\\
&&&&&&\\
&&&\;\Omega^-\!\!&&&\\
}$$

Замечательно, но в случае химических формул нужны такие возможности как: 1)добавление фрагментов из бибиотеки 2) соединение нескольких структур в одну, или наоборот, расщепелние; 3) раскрытие/образование циклов (при этом логическая схема может очень сильно измениться)

и самое главное, люди привыкли к WYSIWYG, и хотят его

У меня накопился здоровый стилевой файл, которым я активно пользуюсь, вместо того, чтобы каждый раз писать кучу текста. Думаю, у химиков, пользующихся латехом, тоже есть свои заготовки, и им не приходится так извращаться. Ну а WYSIWYG - извращение. Плюс, не факт, что при смене версии ОО или изменении форматирования документа такая формула не поплывет.

А вообще, есть и WYSIWYG - та же DIA.

>Думаю, у химиков, пользующихся латехом, тоже есть свои заготовки

Я таких в жизни не видел (только на лоре один раз слышал про химтех, который давно рип). У нас многие с компьютером «на вы», какой уж тут тех

не факт, что при смене версии ОО или изменении форматирования документа такая формула не поплывет

поплыть «внутри» такая формула в принципе не может- в текст она вставлена, как изображение, т.е. плавать может только все вместе. Совместимость версий может быть нарушена только внутри моего расширения, в то же время, любая его версия может работать в любой версии ООо 3.х

Ну а WYSIWYG - извращение.

хз, лично для меня извращение - это писать простыню кода вместо того, чтобы набросать структуры мышкой за минуту, используя готовые фрагменты с тулбаров и из библиотеки шаблонов

>DIA

у меня JChemPaint использован, он гораздо лучше для этого приспособлен

и кстати говоря, для химических формул есть общепринятое текствое представление - SMILES (с техом ничего общего не имеет). В сабже есть поле ввода, в котором можно набрать smiles и вставить молекулу. Для сложных стрктур типа порфиринов эта штука, понятное дело, будет слишком сложна для «ручного» набора, однако ничто не мешает скопировать ее из другого источника или сгенерить в другой программе

Ладно, ладно. Не буду спорить с химиком. Мне же для астрофизики латех в самый раз.

Отличный аддон, отличные новости!

Химические форумлы в техе были неизбежностью лет 10 назад.

Сейчас можно позволить себе полноценные инструменты.

Хотя плоская запись уходит в прошлое — сейчас любят покрутить молекулу интерактивно.

Вот если бы латеховские элементы можно было бы обеспечивать кроссплатформенными скриптовыми WYSIWYG-овскими обертками с кнопочками и бегунками — тогда да.

А сейчас ни один уважающий себя химик не будет велосипедить бензол из отрезков и кружочков — это идиотизм.

>Хотя плоская запись уходит в прошлое — сейчас любят покрутить молекулу интерактивно.

У 2д и 3д совершенно разные цели. 2д схема сложного комплекса часто позволяет лучше понять его устройство. Я уже не говорю про запись цепочек синтезов

Вот если бы латеховские элементы можно было бы обеспечивать кроссплатформенными скриптовыми WYSIWYG-овскими обертками с кнопочками и бегунками — тогда да.

Есть SMILES - общепринятый стандарт. простые молекулы можно набирать руками, например CCC - это пропан. У JChemPaint есть тектовое поле для ввода SMILES, туда же можно ввести CAS-номер

А сейчас ни один уважающий себя химик не будет велосипедить бензол из отрезков и кружочков — это идиотизм.

лорчую

>покрутить молекулу интерактивно

ждите следующей версии! код для интеграции Jmol уже в разработке!

ждите следующей версии! код для интеграции Jmol уже в разработке!

ждём :)