В репах, конечно, есть много чего, но не все. Это раз. Второе, часто довольно старые версии. Есть ли какой-нибудь пакетный менеджер для емакса, не знаю может звучит немного глупо, ведь все везде раскидано.
Касательно org-mode: предполагается, что все записи надо хранить в одном файле или как?