Установил владельца из под другого дистра

чмодни на 755. А вообще, ССЗБ. Ну бывает.

что, прямо на / рекурсивно?

В общем случае — никак. В частном случае — смотреть документацию по своему пакетному менеджеру.

Иногда можно через package manager (через rpm проще, через dpkg чутка сложнее)

Переустановись — надежнее и урок тебе будет, сначала думать потом делать.

для начала chown root -R /
а потом достань копию дистра (лив-сиди например) и ищи файлы, у которых юзер не рут должен быть и переделывай (man find)
chmod 777 тоже рекурсивно на / сделал?

Да сам виноват. Мозг как у Вас на аватарке. Можете пожалуйста подробнее объяснить как устроено. Насколько я понимаю, в системе есть группы, пользователи. У каждого есть свои права, на запуск выполнение и так далее. Точнее у файлов(UID,GUID...) устанавливаются эти права битам rwx (777 в десятичной). У каждого пользователя есть свой ID. По сути все эти данные прописаны в файле с пользователями или где там в shadow. То есть выходит что можно исправить, посмотрев информацию об этом(пользователе UID,GUID) в поломанной файловой системе и потом из рабочей просто установить права и владельцев соответсвующих. Но насколько я понял, будет проще переустановить, так как в / (руте) у файла(папки, устройства, файла...) должны быть определенные права. То есть нужно смотреть на рабочей оси и потом вручную устанавливать. Я правильно описал и понимаю ?

Конкретно operation not permitted получаешь скорее всего из-за того, что приватному ключу (~/.ssh/id_rsa) выставил слишком публичные права, ему надо 600.
Но в твоём случае chmod -R 777 + chmown -R имхо, уже проще виндовз-способ «всё снести и всё поставить».