Неэффективно. Оно мало что удаляет. Я вот к примеру с 2009г. засрал сильно систему разными пакетами (например -dev пакетами, т.к. нередко что-то компилировал, наверняка ещё полно всяких утилит, которыми воспользовался пару раз и забыл), которые ставил вручную, их оно не удалит. Надо брать какую-то утилиту, показывающую дерево пакетов (aptitude или synaptics, если оно ещё живое) и вручную разбираться что нужно, а что не нужно. Но возиться лень. А то система уже пять часов обновляется из-за этого.
Могу посоветовать dupeGuru для поиска дубликатов файлов. В ней, конечно, многое можно было бы улучшить, но в целом хорошая программа.
P.S. Не запускай никакие программы, особенно те, которые тебе советуют в этой теме, не прочитав сначала, что они делают. А то ты можешь потерять все данные.