chapter*{ВВЕДЕНИЕ}
addcontentsline{toc}{chapter}{Введение}

<...>

chapter*{СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ}
addcontentsline{toc}{chapter}{Список использованных источников}

\documentclass[%
bachelor,       % тип документа
natbib,         % использовать пакет natbib для "сжатия" цитирований
subf,           % использовать пакет subcaption для вложенной нумерации рисунков
href,           % использовать пакет hyperref для создания гиперссылок
colorlinks=true % цветные гиперссылки
%,fixint=false  % отключить прямые знаки интегралов
,times         % шрифт Times как основной
]{disser}

\usepackage{tocloft}% http://ctan.org/pkg/tocloft
\setlength{\cftsubsecnumwidth}{4em}% Set length of number width in ToC for \subsection
\makeatother
\begin{document}
\tableofcontents
\section{This is a section}
\subsection{This is a subsection}
\setcounter{subsection}{999}
\subsection{This is another subsection}
\end{document}

\if@cftsubfigopt\else
  \newcounter{lofdepth}\setcounter{lofdepth}{1}
  \newcounter{lotdepth}\setcounter{lotdepth}{1}
\fi

\addto\captions<languagename>{\renewcommand\bibname{References}}

\usepackage[[b]subfigure[/b]]]{tocloft}

\documentclass[a4paper]{extarticle}

\makeatletter

\renewcommand\@pnumwidth{1.5em}   % Ширина колонки с номерами страниц
\newcommand\My@secwidth{2.5ex}    % Ширина колонки с номерами разделов
\newcommand\My@subsecwidth{4.5ex} % Ширина колонки с номерами подразделов

% Стиль заполнения точками
\newcommand{\My@dotfill}{\leavevmode\xleaders\hbox to 1.5mm{\hfil.}\hfill}

\renewcommand*\l@section[2]{%
	\ifnum \c@tocdepth >\z@
		\setlength\@tempdima{\My@secwidth}%
		\begingroup
			\parindent \z@ \rightskip \@pnumwidth
			\parfillskip -\@pnumwidth
			\leavevmode
			\advance\leftskip\@tempdima
			\hskip -\leftskip
			#1\nobreak\My@dotfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
		\endgroup
	\fi}

\renewcommand*\l@subsection[2]{%
	\ifnum \c@tocdepth>1
		\setlength\@tempdima{\My@subsecwidth}%
		\setlength\@tempdimb{\My@secwidth}%
		\begingroup
			\parindent \z@ \rightskip \@pnumwidth
			\parfillskip -\@pnumwidth
			\leavevmode
			\advance\leftskip\@tempdima
			\advance\leftskip\@tempdimb
			\hskip -\leftskip
			\hskip \@tempdimb
			#1\nobreak\My@dotfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
		\endgroup
	\fi}

\makeatother

\begin{document}
\tableofcontents
\newpage

Build me two times at look at TOC!

\section[FIRST]{First}
\section[SECOND]{Second}
    \subsection{SubSecondOne}
    \subsection{SubSecondTwo}
\section[THRID]{Thrid}

\end{document}

\documentclass[a4paper]{extarticle}

\makeatletter

\renewcommand\@pnumwidth{1.5em}   % Ширина колонки с номерами страниц
\newcommand\My@secwidth{2.5ex}    % Ширина колонки с номерами разделов
\newcommand\My@subsecwidth{4.5ex} % Ширина колонки с номерами подразделов

% Стиль заполнения точками
\newcommand{\My@dotfill}{\leavevmode\xleaders\hbox to 1.5mm{\hfil.}\hfill}

\renewcommand*\l@section[2]{%
	\ifnum \c@tocdepth >\z@
		\setlength\@tempdima{\My@secwidth}%
		\begingroup
			\parindent \z@ \rightskip \@pnumwidth
			\parfillskip -\@pnumwidth
			\leavevmode
			\advance\leftskip\@tempdima
			\hskip -\leftskip
			#1\nobreak\My@dotfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
		\endgroup
	\fi}

\renewcommand*\l@subsection[2]{%
	\ifnum \c@tocdepth>1
		\setlength\@tempdima{\My@subsecwidth}%
		\setlength\@tempdimb{\My@secwidth}%
		\begingroup
			\parindent \z@ \rightskip \@pnumwidth
			\parfillskip -\@pnumwidth
			\leavevmode
			\advance\leftskip\@tempdima
			\advance\leftskip\@tempdimb
			\hskip -\leftskip
			\hskip \@tempdimb
			#1\nobreak\My@dotfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
		\endgroup
	\fi}

\makeatother

\begin{document}
\tableofcontents
\newpage

Build me two times at look at TOC!

\section[First]{FIRST}
\section[Second]{SECOND}
    \subsection{SubSecondOne}
    \subsection{SubSecondTwo}
\section[Thrid]{THRID}

\addcontentsline{toc}{section}{References}
\renewcommand{\refname}{REFERENCES}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{bib:1} Source 1
\bibitem{bib:2} Source 2
\end{thebibliography}

\end{document}

\begin{document}
\tableofcontents

\newpage
\addcontentsline{toc}{chapter}{Список использованных источников}
\def\bibname{\normalsize СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ}


\begin{thebibliography}{0}

\bibitem{HM} Точные решения уравнений Эйнштейна / Под ред. Э.Шмуцера. -- М.: Энергоиздат, 1982. -- 416 с.
\end{thebibliography}

\documentclass[%
bachelor,       % тип документа
natbib,         % использовать пакет natbib для "сжатия" цитирований
subf,           % использовать пакет subcaption для вложенной нумерации рисунков
href,           % использовать пакет hyperref для создания гиперссылок
colorlinks=true % цветные гиперссылки
%,fixint=false  % отключить прямые знаки интегралов
,times         % шрифт Times как основной
]{disser}




\usepackage[
  a4paper, mag=1000,
  left=2.5cm, right=1cm, top=2cm, bottom=2cm, headsep=0.7cm, footskip=1cm
]{geometry}
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[cp1251]{inputenc}
\usepackage[english,russian]{babel}
%\usepackage{tabularx,longtable}
\ifpdf\usepackage{epstopdf}\fi

% Плавающие рисунки "в оборку".
\usepackage{wrapfig}

% Номера страниц снизу и по центру
\pagestyle{footcenter}
\chapterpagestyle{footcenter}

% Точка с запятой в качестве разделителя между номерами цитирований
%\setcitestyle{semicolon}

% Использовать полужирное начертание для векторов
\let\vec=\mathbf

% Включать подсекции в оглавление
\setcounter{tocdepth}{2}

\graphicspath{{fig/}}
\renewcommand{\tocprethechapter}{} % в оглавлении убираем слово "Глава"
\renewcommand{\thechapterfont}{\normalsize\bfseries} % Номер главы полужирным
\renewcommand{\prethechapter}{} % Убираем слово "глава"
\renewcommand{\postthechapter}{.~} % ставим точку и пробел после номер
\renewcommand{\appendixfont}{\normalsize\bfseries}
\renewcommand{\chapterfont}{\normalsize\bfseries}
\renewcommand{\sectionfont}{\normalsize\bfseries}
\renewcommand{\subsectionfont}{\normalsize\bfseries}
\renewcommand{\subsubsectionfont}{\normalsize\bfseries}
\renewcommand{\theappendixalign}{\hfill}
\renewcommand{\theappendix}{\arabic{chapter}} % заменяем нумерацию приложений на цифры
\renewcommand{\pretheappendix}{\protect{Attachment}~} % Меняем регистр слова "Приложение"
\renewcommand{\tocpretheappendix}{\protect{Attachment}~} % Меняем регистр слова "Приложение"
\renewcommand{\introname}{Introduction}
\renewcommand{\sectionindent}{1cm}
\renewcommand{\subsectionindent}{1cm}
\renewcommand{\aftersection}{6pt plus .1pt}
\renewcommand{\aftersubsection}{3pt plus .1pt}
\renewcommand{\conclusionname}{Conclusion}
\ifpdf\usepackage{epstopdf}\fi
\def\headfont{\small}
%\pagestyle{headcenter}
\chapterpagestyle{empty}
\makeatletter
\renewcommand{\@biblabel}[1]{#1.\hfil}
\makeatother
\addto\captionsrussian{\def\refname{Bibliography}}

\thepartalign Параметры номера и названия: выравнивание, шрифт, отступы, текст до и после.
\thepartfont
\prethepart
\postthepart
\partalign
\partfont
\beforepart
\afterpart
344 \providecommand\thepartalign{\centering}
345 \providecommand\thepartfont{\huge}
346 \providecommand\prethepart{\tocprethepart}
347 \providecommand\postthepart{\par\vskip 20\p@}
348
349 \providecommand\partalign{\centering}
350 \providecommand\partfont{\huge\bfseries}
351 \providecommand\beforepart{}
352 \providecommand\afterpart{\par}

а про оглавление здесь 

1.16.2 Оглавление
\tocsection Команда, создающая заголовок в тексте.
1881 \newcommand\tocsection{\chapter*{\contentsname}}
1882
\tableofcontents
1883 \newcommand\tableofcontents{%
1884 \if@twocolumn%
1885 \@restonecoltrue\onecolumn%
1886 \else\@restonecolfalse\fi%
1887 \tocsection%
1888 \@mkboth{\MakeUppercase\contentsname}{\MakeUppercase\contentsname}%
1889 \@starttoc{toc}%
1890 \if@restonecol\twocolumn\fi
1891 \clearpage
1892 }

Я не понял что надо применить что бы ответить на мои вопросы.

\tocsectionindent Величина отступа записи в оглавлении.
632 \providecommand\tocsectionindent{1.5em}

\tocsectionindent 
\providecommand\tocsectionindent{1.5em}

 не даёт никакого результата (писал и в шабке и в теле программы)
я просто ещё спрашивал про
"как можно выровнять \chapter по красной строке? Если написать \renewcommand{\chapterindent}{-3cm}, то ничего хорошего не получается."

\renewcommand\chapteralign{\raggedright}
\setlength{\chapterindent}{\parindent}

\begin{document}
\tableofcontents

\begingroup % <<<------------!!!

\renewcommand\chapteralign{\raggedright}
\setlength{\chapterindent}{\parindent}

\chapter{чаптер}

Lorem ipsum dolor sit amet

\endgroup % <<<------------!!!

\begin{thebibliography}{0}
\bibitem{HM} Точные решения уравнений Эйнштейна / Под ред. Э.Шмуцера. -- М.: Энергоиздат, 1982. -- 416 с.
\end{thebibliography}

\end{document}

  \renewenvironment{thebibliography}[1]{
    \bibsection
    \parindent\z@
    \bibpreamble\bibfont
    \list{\@biblabel{\@arabic\c@enumiv}}{\settowidth\labelwidth{\@biblabel{#1}}%
    \setlength{\itemsep}{\bibsep}
    \setlength{\parsep}{\bibsep}
    \leftmargin\labelwidth
    \advance\leftmargin\labelsep
    \@openbib@code
    \usecounter{enumiv}%
    \let\p@enumiv\@empty
    \renewcommand\theenumiv{\@arabic\c@enumiv}}%
    \sloppy\clubpenalty4000\widowpenalty4000
    \sfcode`\.\@m
  }{%
    \bibpostamble
    \def\@noitemerr
    {\@latex@warning{Empty `thebibliography' environment}}%
    \endlist
  }
}