Загрузить систему из каталога

chroot-нись туда в отредактированном initramfs.

Немного не в тему, но с произвольного btrfs subvolume грузиться легко.

Нет, нужно именно на произвольной ФС.

И всё будет работать как обычно?

initramfs так и работает.

systemd-nspawn -b /directory

Если планируется продолжительное использование, то есть смысл задействовать контейнерную виртуализацию, к примеру, libvirt+lxc.

Пацаны говорят, что эта связка deprecated

https://access.redhat.com/documentation/en-US/Red_Hat_Enterprise_Linux/7/html...

Вот это на самом деле довольно странно, т.к. сейчас libvirt умеет и полную виртуализацию через QEMU/KVM, и контейнерную через LXC.
И пакеты libvirt-daemon-driver-lxc доступны вплоть до Fedora Rawhide, а сам LXC закапывать вроде бы никто не собирается.
С другой стороны, без разницы, что там в качестве бэкенда, лишь бы оставалась возможность контейнерной виртуализации.

Обычно загрузка так и происходит. То есть init, который в initrd, монтирует устройство, на котором у тебя корень, в какую либо папочку и потом чрутится туды. То есть тебе надо в том ините просто поточнее указать куда чрутиться.