Указать конкретное зеркало для pacman

Можно. Руками прописать его в mirrorlist.

reflector --country <country>

конкретный сервер - проще, видимо, сделать что-то типа

cat my_favorite_mirror mirrorlist_new > mirrorlist

pacman-mirrorlist

Это manjaro-specific

Я брал сортированный по статусу (актуальности и скорости) отсюда: https://www.archlinux.org/mirrorlist/ и пинговал первую сотню, первыми поставил те, у которых пинг был минимальный. К слову, у яндекса скорость хорошая, но вот актуальность пакетов может сильно отставать.

Вот начало моего mirrorlist:

##
## Arch Linux repository mirrorlist
## Sorted by mirror score from mirror status page
## Generated on 2016-11-22
##

## Score: 0.8, Sweden
Server = http://ftp.acc.umu.se/mirror/archlinux/$repo/os/$arch

## Score: 0.9, Germany
Server = http://mirror.23media.de/archlinux/$repo/os/$arch

## Score: 0.6, Russia
Server = http://mirror.aur.rocks/$repo/os/$arch

Пользуюсь этими серверами уже больше полугода, скорость шикарная.

Он постоянно перезаписывается((

У меня не перезаписывается. При обновлении pacman сообщает:

warning: /etc/pacman.d/mirrorlist installed as /etc/pacman.d/mirrorlist.pacnew

И так со всеми правлеными конфигами.