При использовании setxkbmap пропадает значок языка с панели задач

Там в штатных настройках вроде были все те же возможности, зачем тебе вообще setxkbmap?

Штатные настройки вылетают

Штатные настройки вылетают

Используй нормальный дистрибутив, а не это говно.

И что же, по вашему мнению, не говно?

gsettings/dconf/gconf/qdbus/dbus, тысячи их.
получить раскладки gsettings get org.gnome.desktop.input-sources sources
установить раскладку gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
вообще, можно сравнить выхлопы dbus и setxkbmap, видимо последний сбивает раскладку для гном.

Очевидно, что тот, на котором не вылетают штатные настройки.

Что это значит? Что вы делаете, что они вылетают?

Приложение настроек вылетает при нажатии на кнопку, вызывающюю панель для назначения раскладок

Может есть какая альтернатива setxkbmap?

альтернатива - не использовать setxkbmap. Вот, я успешно написал этот текст без setxkbmap.