Разнёс работу с разными приложениями и данными в разные системные учётки, в целях безопасности. Божественный pulseaudio работает отвратительно. Если, например, работает аудиопроигрыватель, то, когда он играть прекратит, могут залпом проиграться звуки от skype, от hipchat из браузера, которые должны были прозвучать раньше. С записью звука, как я понял, всё ещё хуже - работает по принципу «кто раньше встал, того и тапки» - какой пользователь раньше запустил инстанс pulseaudio, тот и захватил источник звука.
Как это лечится? Может, переходить на что-то, типа JACK?
Gentoo ~amd64, media-sound/pulseaudio-7.1.