ISPConfig работает с четырьмя логическими уровнями - Администраторы, Ресселеры, Клиенты и Пользователи e-mail. Создание отдельных каталогов где сохраняются ресселеры и сайты. Удаленные клиенты или пользователи могут быть восстановлены из корзины. Так же существует менеджер обновлений.
Поддержка работы с первичными и вторичным DNS, SPF, автоматической конфигурации сети при добавлении нового IP.
Для ресселеров и клиентов существует возможность установки лимитов на траффик, дисковую квоту, рассылки welcome mail. Встроенная тикет система.