Ввиду того, что от релиза к релизу в потрохах Fedora перепиливают очень много, я предпочитаю чистую переустановку с сохранением настроек отдельных приложений в «хомяке».
Да, он более понятен если что-то пойдёт не так. Но если в системе программы только из Федоровского репа - федап пройдёт на ура, потому что его тестируют и ЕМНИП это release criteria. Так что он точно должен обновлять)