Давно мне был интересен состав некоторых реагентов, с которыми работаю, а тут по работе порвался до ЯМР спектрометрии и понеслось.

На скрине окно Bruker TopSpin 4.4.1 (академическая лицензия, стоит на ноуте с кубунтой, да, оно есть полное на Линукс) со спектром 5х ГЦ буфера полимеразы Phusion (химерная полимераза Sso7d-Pfu с дополнительными мутациями). В принципе, энтузиасты и раньше исследовали этот вопрос (https://pipettejockey.com/2017/08/18/purifying-commonly-used-enzymes-homebrew-phusion/), но без пруфов, ввиду отсутствия доступа к ЯМР спектрометрии. Я же снял спектр на 600 МГц в смеси воды и тяжёлой воды с последующим подавлением сигнала лёгкой воды, благодаря чему смог проверить справедливость тех или иных предположений о составе.

По итогу выяснилось, что, вопреки правилу бритвы Оккама, тут справедливее всего самый сложный вариант, но с оговорками: другой тип неионогенного ПАВ, немного другой буфер, меньше добавок.

>>> Просмотр (1280x671, 92 Kb)

Собственно, надо с помощью МНК и тестового датасета (один - положение пика, другой - размер) вычислить размеры пиков с других каналов. Есть такой код:

from numpy import polyfit, polyval
a = [1589, 1749, 1915, 2082, 2196, 2247, 2416, 2577, 2740, 2900, 3013, 3061, 3222, 3300, 3382, 3542, 3704, 3817, 3863, 4023, 4180, 4339, 4496, 4607, 4653, 4810, 4963, 5116, 5266, 5370, 5413, 5562, 5705, 5846, 5983]
b = [40, 60, 80, 100, 114, 120, 140, 160, 180, 200, 214, 220, 240, 250, 260, 280, 300, 314, 320, 340, 360, 380, 400, 414, 420, 440, 460, 480, 500, 514, 520, 540, 560, 580, 600]
coeffs = polyfit(a, b, 2)
c = [3648, 3656, 3671, 3678]
d = polyval(coeffs, c)
print(d)

При запуске он работает правильно и выводит

[292.45662586 293.46364392 295.35247158 296.23422302]

НО! В мануале к функциям значится, что предпочителен новый API numpy.polynomial. Пробую переписать в соответствии с этим API:

from numpy.polynomial.polynomial import Polynomial, polyval
a = [1589, 1749, 1915, 2082, 2196, 2247, 2416, 2577, 2740, 2900, 3013, 3061, 3222, 3300, 3382, 3542, 3704, 3817, 3863, 4023, 4180, 4339, 4496, 4607, 4653, 4810, 4963, 5116, 5266, 5370, 5413, 5562, 5705, 5846, 5983]
b = [40, 60, 80, 100, 114, 120, 140, 160, 180, 200, 214, 220, 240, 250, 260, 280, 300, 314, 320, 340, 360, 380, 400, 414, 420, 440, 460, 480, 500, 514, 520, 540, 560, 580, 600]
coeffs = Polynomial.fit(a, b, 2)
c = [3648, 3656, 3671, 3678]
d = polyval(c, coeffs)
print(d)

И получаю выхлоп:

[Polynomial([309.86246448, 277.69372744,   9.356855  ], domain=[1589., 5983.], window=[-1.,  1.], symbol='x')
 Polynomial([309.86246448, 277.69372744,   9.356855  ], domain=[1589., 5983.], window=[-1.,  1.], symbol='x')
 Polynomial([309.86246448, 277.69372744,   9.356855  ], domain=[1589., 5983.], window=[-1.,  1.], symbol='x')
 Polynomial([309.86246448, 277.69372744,   9.356855  ], domain=[1589., 5983.], window=[-1.,  1.], symbol='x')]

И вроде всё по мануалу, вроде всё окей. Что я сделал не так и как исправить и получить нормальный вывод значений?

Заранее спасибо!

Нашёл недавно клип на песню «Закат» Арии (собственно, сабж: https://youtu.be/Jyl350eL0IY?si=mMvVmA2CHligYmVp ) и очень там видеоряд понравился. И помню, вроде даже смотрел фильм, из которого взято, а название вспомнить не могу. Хочется найти, пересмотреть. Чую, под осеннее настроение зайдёт идеально.

Заранее спасибо всем, кто поможет опознать сабж!

По ходу написания PhD, задолбался GeneMapper-ом, его прибитостью гвоздями к венде, чуть меньшую прибитость гвоздями к Ораклу (GeneMapper ID-X 1.7 уже PostgreSQL использует), жручестью, непереносимостью, сильно платностью (16 килобаксов лицензия на 1 человекоместо!). Ну и подумал, что надо посмотреть, а что есть свободного. Нашёл NCBI OSIRIS, но он только для венды и макоси. Есть fatools, есть что-то для R, но не интерактивное ни разу. А у fatools, как по мне, ещё весьма путанный и слабо комментированный код с однобуквенными или около того именами переменных и прочими подобными прелестями.

По итогу, взял я в зубы BioPython, pyqtgraph, SciPy и начал писать свою программу.

Пока что получается неплохо: добился корректной работы с файлами, где реализовано лишь ограниченное подмножество ABIF, с файлами, полученными до стандартизации ABIF (другие смещения, другие названия полей данных...), с файлами HID (получаются на криминалистических капиллярниках ABI 3500 HID, немного отличаются от стандартных ABIF, не особо описаны), определение размера фрагментов с помощью степенных сплайнов или методом наименьших квадратов (мне эту часть математики не преподавали вообще, тип нафига это химикам или биологам. А вот надо! И тем, и другим! Чтоб не заниматься мазохизмом с вычислением площади пиков распечаткой, вырезанием и взвешиванием, а положения измерением линейкой - да, мы так в универе делали в 2013-2014...).

В планах прикрутить автоматическое определение аллелей (биннинг) и импорт STR панелей из CSV файлов.

Собственно, на скрине видны данные для аллельного маркера GlobalFiler - рассчитанные размеры в окне программы и предполагаемые с допустимыми отклонениями - в LibreOffice (взято из данных панели GlobalFiler для капиллярника SeqStudio HID). Лицензия программы - AGPL v3. Дистрибутив на скрине openSuSE Tumbleweed, машина - Cisco UCS C240 M3, видеокарта встроенная Matrox с 8Мб видеопамяти, поэтому да, ШГ во все поля.

Ссылка на репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

И да: кастую DNA_Seq - давно не видел, может обрадую, что не помер и даже что-то ещё развиваю.)

>>> Просмотр (1024x768, 178 Kb)

Сабж.

А то CIMC третьей версии работает через ныне мёртвый много лет Флэш. Археотек этот у себя держать как-то не особо хочется. А прошивки имеют идентификатор платформы просто C240, что с некоторой вероятностью (но не 100%, естественно), намекает.

День добрый!

Собственно, хочется, чтобы юзер мог выбрать некий файл, подтвердить вбор и видеть, какой именно файл он выбрал (В чём-то типа строки адреса). Есть для этого какой-то один виджет?

Заранее спасибо!

Я, как и многие люди, интересующиеся компьютерами, нет-нет, да слышал про такую систему, как OpenVMS. Типа высоконадёжная, для атомных станций, круче только яйца… Интересно, в общем.

Недавно её портировали на x86_64, и мне удалось получить Community License на неё. Итак… Впечатления разочаровывающие, мягко говоря.

1. Системные требования, переплёвывающие Windows 11: 8+ Гб оперативы, 2+ ядра процессора, (U)EFI64 (Старая прошивка? Ну, не повезло, не повезло…).
2. Нормальный экран при этом система использует ТОЛЬКО для отображения загрузочного меню и потом — информации, когда вам надо переключиться на ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЙ ПОРТ! Причём не абы какой последовательный порт, а строго COM1, другие не видит. Если у вас есть , оборудование, требующее эти порты - вам искренне соболезнуют (нет). Плюсы: в принципе, система может вообще без дисплея обходиться — загрузчик тоже умеет работать через COM1. Минус: к компу с OpenVMS получается ОБЯЗАТЕЛЬНО нужен другой комп или терминал, который ещё найти надо.
3. Синтаксис и система команд разрабатывались алкоголиком-маразматиком под грибами. Если онтопик критикуют за потребность регулярно использовать командную строку (хотя это давно не так), а винды — за куцость их cmd.exe и странность повершелла, эти люди OpenVMS ещё не видели. У никсов и венды команды хотя б на человеческом языке, а не на гоблинском диалекте орочьего. Плюс оконная система OpenVMS похоже то ли почила в бозе, то ли её ещё просто не портировали, хотя это ж обычная X11 + Motif.
4. Система глобально нечувствительна к регистру — в командах, ФС, даже в паролях.
5. Похоже, OpenVMS безопасна лишь ввиду малой распространённости и пункта 3 — никто не хочет ломать себе мозг. Классика безопасности через сокрытие и неуловимого Джо.
6. Странные решения по части портирования программ с предыдущих версий системы — компиляторы C, C++ ещё тестируются, зато Lua есть.
7. Если ЭТО продакшн — мне страшно представить, что было тестингом. В общем и целом: здоровья погибшим, закапываем, кажется время OpenVMS прошло. Заодно, зная, что Windows NT делалась теми же людьми, что OpenVMS, и архитектурные решения таки заимствовались и из OpenVMS, и из OS/2, и из DOS — к виндам отпало много вопросов, не повезло с архитекторами.

Больше скриншотов у меня в ТГ: https://t.me/nurglescauldron/138?single

>>> Просмотр (1280x784, 72 Kb)

Сабж.

Индиана - текстовый инсталлятор кривой, что свет туши, графический в той же мере тормознутый.

Солярис - то же, но ещё хуже.

Обе упомянутые выше при этом при любом чихе в сторону от дефолтной конфигурации ВМ вообще отказываются работать.

НетБСД - инсталлятор хорош *бещ иронии - реальо хорош), работает как-то, но всё или почти всё, связанное с Qt, поломано до невозможности.

Крик души.

По сравнению с жтим невыставление Опенком переменной LANG и высталение Фряхой тм просто C.UTF-8 вообще пофиг, хотя некоторым программам и мешает.

Ни Хао, товарищи!

Помню, что в связи с некоторыми событиями у многих возникли проблемы с оплатой хостингов и многого другого. Мне это всегда казалось несколько странным и несправелоивым, а потому я рад поделиться с вами новостью, к которой и сам имею некоторое отношение.

В частности мой хороший друг woodbras запустил новую хостинг-платформу с поддержкой оплаты через AliPay (к которой, ЕМНИП, можно привязать в том числе и карту МИР) и фокусом на безопасность. Моя помощь в процессе была небольшой, но, как говорит мой друг, весьма заметной.

Итак, кроме упомянутого выше, этот хостинг имеет следующие возможности и фичи:

• Полностью и навсегда бесплатный пакет на 125Мб без каких-либо ограничений.

• Доступно создание бесплатных субдоменов при выборе любого пакета. То есть можно взять себе хоть 5Гб, даже если нету домена зарегистрированного. На любом другом хосте придется покупать домен, чтобы воспользоваться сервисом, а тут - нет.

• Возможность редактировать параметров PHP.ini для каждого из управляемых доменов в отдельности (например, можно выделить до 1Гб оперативной памяти под обработку PHP файлов с помощью параметра memory_limit, увеличить объём загружаемого на ресурс файла с помощью upload_max_filesize до 1Гб, ну и вообще, все остальное, что возможно изменять в PHP.ini доступно прямо из веб-панели пользователя).

• Прямой доступ к Web Terminal прямо из веб панели.

• Интеграция с установщиком различных фреймворков и CMS систем в один клик.

• Безопасность. А именно A+ Security Headers. Пока что , как мы видели - это единственный веб хостинг из доступных, предлагающий для каждого пользователя наивысший уровень Security Headers. Помимо этого, сами сервера хоста защищены от DDoS, в том числе путём использования сетевой инфраструктуры и вычислительных мощностей Google.

• Стабильность работы. Благодаря высокой пропускной способности межконтинентальных сетей Google, данные передаются быстро и сам сервер не накладывает ограничения по скорости на передачу или загрузку данных, а так же обеспечивает сохранность данных благодаря серверам расположенным на разных континентах.

• Поддержка основных Web языков программирования. Поддерживается PHP, Perl, Django (Python), а также ряд фреймворков для работы с PHP и JavaScript.

• Подробная документация по всем вопросам прямо на сайте.

• Имеется поддержка через систему тикетов.

• В дальнейшем, планируется внедрение русскоязычной версии сайта хостинга.

Думаю, ввиду перечисленного выше, этот хостинг как минимум заслуживает некоторого внимания. В общем — ждём ваших отзывов, предложений и запросов! Всегда будем рады помочь!

Собственно, сайт: https://webhostmost.com

Канал в ТГ: https://t.me/webhostmost

В Ютубе: https://www.youtube.com/@WebHostMost

Добрый день, камрады!

Собственно, интересует сабж. Требования:

наличие СНПЧ (очень заценил эту фичу, покупаешь архидешёвые чернила и только те, что закончились, а не как с картриджами HP всё в одном - один цвет закончился - покупай весь картридж),

полный функционал под Линуксом (текущий принтер Epson L210 имеет одну причуду: в режиме фотопечати под линем чуть-чуть полосит, оставляя тооооненькие белые полосочки, в венде норм, но венда - проприетарный глюкодром и держится только ради маминого софта, связанного со страхованием),

возможность печати большого количества страниц, на разных носителях (бумага, фотобумага, может картон),

если есть возможность прямой подачи бумаги по принципу «подхватил и потащил, без изгибания и прочего» - будет здорово (опять же, для печати на картоне это очень удобно),

адекватная цена, не как крыло от Боинга.

Формат А4, может быть А3, но А3 не так уж часто нужен.

Спасибо заранее за советы и предложения!

Сабж.

Пробовал NCBI OSIRIS под вайном - там все заточено сугубо под судебку, создать свою панель можно, но извернуться нужно существенно так. Для исследований не то, короче.

Peak Scanner 2.0 от Термофишера не читает файлы 3500 DX, помечая как якобы повреждённые, GeneMapper 5 их читает,но хочется что-то всё же свободное и под онтопик.

Fragman на 25% загрузки файлов вылетел, не хочет он файлы с ABI 3500 Dx читать… Хотя линь официально и не поддерживался - делали под макось и венду. Да и состыковать R с гуем - та ещё задача будет.

Fatools ещё не пробовал, но питон даёт надежду, что к этому хоть кути прикрутить можно будет, чтоб коллеги с консолью не долбались.

Может кто-то ещё варианты знает?

Молбиол ру тыкать бесполезно, кмк, форум там ща по большей части из спам-ботов состоит, а ведь хороший был форум.(

Если у кого есть идеи по сему специфическому вопросу - внимательнейше слушаю. Заранее спасибо!

Сабж. При этом чтобы это не сжирало много ресурсов.

Источник сабжа прост: есть рекрасный мануал по систематике прокариот в DJVU с размером файла в 49 Мб (и это только первый том, не самый большой), который на мобильнике открывать просто боль. PDF сравнимого размера при этом открываются шустро и беспроблемно. Пробовал распечатать в файл с помощью Okular - делает всё очень долго, ресурсы при этом жрёт только в путь (система у меня - признанный археотек: Xeon X5460, 8 GB DDR2, NVidia 9600 GT, 512 Mb VRAM).

Заранее спасибо!

Советы типа «апгрейдни комп» - мимо.

Всем ни хао! Собственно, сабж. Требование простое - не вкладыши. Почему: анатомические особенности левого уха, из-за которых левый вкладыш вырубается при малейшем движении.

На аудиофильские качества глубоко пофигу. Цена желательна меньше, чем у крыла от Боинга.

Заранее спасибо!

…или о том, что такое относительно долгая работа.

Вводные: 95 «светлых» изображений пары «Мицар-Алькор» с соседями, снято на Никон Д3100 с объективом Юпитер-37А с телеконвертером на ИСО12800 (пожалуй, больше не буду, лучше уж экспозицию увеличивать для каждого снимка, ибо от ИСО 1600 становятся заметны тепловые шумы, а выше 3200 это просто АДъ и Израиль).

Для стекинга этих снимков использовал программу Siril, ибо свободная, есть в репах Kubuntu 20.04 и имеет хорошие инструкции по использованию. Все режимы регистрации звёзд, кроме One Star Registration находили на снимках слишком мало звёзд для выравнивания. Использование же One Star Registration заняло 12 часов, 47 минут, 36 секунд, так как он не параллелится из-за особенностей алгоритма.

>>> Просмотр (1680x1050, 743 Kb)

Нужны аккумуляторы, способные без особых проблем работать при низких температурах (до -30-40, чаще всего до -10), имеющие длительный срок хранения в заряженном состоянии и приобретаемые по цене, сильно меньше крыла Боинга. А то обидно было, когда батарея прибора при длительном измерении на холоду помахала лапкой и послала всех далеко и надолго.

Что можете посоветовать?

Спасибо!

Собственно сабж. Надо анализировать всякие там QF PCR, MLPA, HID (SSR, STR, etc…). Есть ли свободные аналоги GeneMapper или GeneMarker? Сертификации для чего-то там не требуется, бо работа пока чисто научная.

Заранее спасибо!

Интересует сабж для С/С++. Если сие пособие для дебилов/зелёных в плане написания чего-то параллельного/гетерогенного мекбойзов - вообще хорошо будет. Языки - русский, английский, немецкий, румынский (ну а вдруг).

Заранее спасибо!

Нужен смстемник для платы АТХ/ЕАТХ и двух блоков питания. Есть ли готовые решения или заколхозить на коленке, как истинный мекбойз?

Заранее спасибо!

Hydra Dominatus! Жил я себе спокойно, а сегодня мне пришло заказное письмо интересного содержания типа я должен банку ВТБ около 40 рублей (именно рублей, не килорублей!) по кредиту, взятому в 2013. Типа коллекторам передали (удачи им). При этом в РФ я был в 2008, 2010 и 2019 годах (в мае, на конференции по медгенетике, останавливался у товарища с ЛОРа, кстати. ЛОР - СИЛА! Спасибо ещё раз этому человеку!) и никаких дел с ВТБ не имел. И чё с этим делать и в каком порядке?

Жду советов и заранее спасибо!

Сабж. Наличие удобного гуя, особенно на Qt и наличие программы в разделе sci-biology Генты сторого приветсвуются.

P.S.: EMBOSS, конечно, тоже тот ещё комбайн, но кмк, менее расширяемый, чем UGENE.

Алсо: cast Axon DNA_Seq