Копирование файлов с длинными именами

Как можно решить проблему? При копировании с флешки файлов с длинными именами

никак. ЕМНИП в маздае(NTFS) вроде 263 байта, а в Linux(ext4) 255 байт.

копируй с переименованием.

есть ли автоматизированное решение?

Ну попробуй сам скрипт на Пайтоне написать например.

Можно архивировать.

есть ли автоматизированное решение?

полно. Гуглите, вот честно, писать Over9000й велосипед мне лень. Там одна строчка с find/sed или три строчки на bash.

Можно архивировать.

в принципе да, gnu tar умеет бесконечную длину имени.

У меня в Xfce есть утилита для пакетного переименования файлов. То же самое несложно реализовать и на shell. Но у меня таких проблем не возникает, я даю файлам емкие осмысленные имена и поддерживаю более-менее структурированную иерархию. А то некоторые скачают какой-нибудь 4dace7g53b789xxxyan.jpg и плачут, что он на флешку не копируется :)