Исправление xtraeft, 28.08.14 21:01 (текущая версия) :
Не ведутся ли какие-то логи по нагрузке на диск?
iotopiostat
И посмотри уже в atop загрузку cpu и его wait.
Исходная версия xtraeft, 28.08.14 21:00: