Исправление E, 22.11.14 19:34 (текущая версия) :
diff -sqr dir1 dir2 | grep 'идентичны$' | sed 's/Файлы \(.*\) и .*/\1/' | xargs rm
Исходная версия E, 22.11.14 19:33:
diff -sqr 88 89 | grep 'идентичны$' | sed 's/Файлы \(.*\) и .*/\1/' | xargs rm