История изменений

Думаю это же жирно для каждого домена вида company.domain.ru создавать файл?

Если руками и больше доменов не планируется, то ИМХО да, лучше объединить в несколько файлов по другому признаку.

Если количество поддоменов будет дальше расти, то лучше сделать темплейт в ansible и разворачивать им в отдельных файлах. ИМХО.

Да не совсем понимаю как будет выглядеть строка с путем для сертификата Letsencript: в секции для домена, или в общей секции?

Во-первых, letsencrypt, не порть поисковую выдачу для будущих пользователей. Во-вторых, не совсем понятен вопрос, тут указано, где прописывается сертификат (http и server)

А, да. Одинаковые опции ssl я выношу в ssl.conf и потом его подцепляю через include.

Думаю это же жирно для каждого домена вида company.domain.ru создавать файл?

Если руками и больше доменов не планируется, то ИМХО да, лучше объединить в несколько файлов по другому признаку.

Если количество поддоменов будет дальше расти, то лучше сделать темплейт в ansible и разворачивать им в отдельных файлах. ИМХО.

Да не совсем понимаю как будет выглядеть строка с путем для сертификата Letsencript: в секции для домена, или в общей секции?

Во-первых, letsencrypt, не порть поисковую выдачу для будущих пользователей. Во-вторых, не совсем понятен вопрос, тут указано, где прописывается сертификат (http и server)