Исправление Lincor, 06.01.15 14:15 (текущая версия) :
/org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options в dconf. пиши туда любые опции, как для setxkbmap.
Исходная версия Lincor, 06.01.15 14:14:
/org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options в dconf.