сгенерировать xorg.conf из текущих настроек?

X -configure

но я не в курсе, откуда оно берет настройки, наверное с /etc/X11/xorg.conf.d/ что ли

arandr сам умеет сохранять настройки в скрипт. Кстати, запуск скрипта может быть предпочтительней, нежели xorg.conf. Ну, а если очень хочется, то просто посмотри, что в скрипте, да вбей нужное в конфиг.

да, но названия опций arandr отличаются от названий опций в xorg.conf

Ну, если лень самому гуглить, выложи сюда выхлоп arandr, постараюсь помочь.