История изменений
Исправление Black_Roland, (текущая версия) :
Можно проще: скопировать /usr/share/applications/atom.desktop в ~/.local/share/applications/atom.desktop и поменять Exec=atom %U на Exec=env ATOM_HOME=/home/user/.config atom %U.
Исходная версия Black_Roland, :
Можно проще: скопировать /usr/share/applications/atom.desktop в ~/.local/share/applications/atom.desktop и поменять Exec=atom %U на Exec=env ATOM_HOME=/home/user/.config atom %U