Не работают никакие процессы, связанные с рут доступом

Логичный вопрос: что делал до перезагрузки?

Смотрел сериальчик, кодил (на уровне калькулятора с хеллоу ворд, ничего, что могло бы повредить систему).

Установлен ли пакет unattended-upgrares (или как там его)? То, что в фоне выполняет установку обновлений. Если да, то как настраивал?

Нет, не установлен. Ручками обновлялся дня три назад

А перезагружался с тех пор (кроме описанного случая)?

Естественно. Ноль результатов

Хорошо, тогда зайдём с другой стороны: а после перезагрузки ты обновляться пробовал?

Да, выдает кучу ошибок, связаных с невозможностью орудовать в элитарных директориях.

А если загрузиться с флешки, чрутнуться в твою систему и запустить процесс оттуда, результат будет тот же?

Пуфф… а можно хотя бы в двух словах инструкцию для чайников и с поправкой на то, что там шифрованный lvm?

для чайников
шифрованный lvm

Однако, здравствуйте.

хотя бы в двух словах инструкцию для чайников

1. Подготавливаешь флешку:
   1. Идёшь на, допустим, сайт SystemResqueCd (не обязательно его, можно и бубунту какую-нибудь взять, главное, чтобы live нормальный был)
   2. Качаешь образ
   3. Выполняешь инструкцию по записи с помощью dd, другие варианты тебе сейчас, скорее всего, будут недоступны
2. Грузишься с флешки
3. Монтируешь раздел с системой. Где он у тебя там в твоём lvm, тебе лучше знать. Как-то так в случае без шифрования: mount /dev/<path/to/partition> /mnt. Как там с шифрованием, не подскажу, не сталкивался, но могу порекомендовать почитать Gentoo Handbook, там наверняка есть инструкции, как монтировать шифрованые разделы
4. Переходишь туда: cd /mnt/
5. Монтитуешь sysfs: mount -t sys ./sys/
6. Монтитуешь procfs: mount -t proc ./proc/
7. Монтитуешь dev: mount -o bind /dev/ ./dev/
8. Чрутишься: chroot . /bin/bash
9. Делаешь себе подсказку, что ты в чруте: export PS1="(chroot) $PS1"
10. Пытаешься обновиться: apt update && apt upgrade

Как-то так. Мог что-то забыть, так как давно это делал

А как он dd без sudo запустит?

Блэд. Тогда из другой системы сделать. Тут я протупил

Как просил:

Дошифровался, сливай…

Место на корне не кончилось? df -h