История изменений

Файло таким образом просто пропадает с поля зрения и больше про него ничего не слышно и не видно. Как это реализуется на консольном уровне?

Пишешь несколько скриптов и утилиту, которая ими рулит, и несколько мышкотыкательных ярлычков для неё. В твоём случае, нужно задействовать 2 баш скрипта. Первый скрипт удаляет из проекта все файлы командами типа «git rm --cached *.sh», потом запускается второй скрипт, который добавляет в проект все нужные файлы - командами типа «git add *.sh». В старых коммитах случайные файлы останутся для истории, а в новых их не будет, пока опять случайно туда не запихнёшь. Да, если тебе нужно добавить в проект новый файл, который не добавляется скриптом - правишь скрипты и используешь их.

Файло таким образом просто пропадает с поля зрения и больше про него ничего не слышно и не видно. Как это реализуется на консольном уровне?

Пишешь несколько скриптов и утилиту, которая ими рулит, и несколько мышкотыкательных ярлычков для неё. В твоём случае, нужно задействовать 2 баш скрипта. Первый скрипт удаляет из проекта все файлы командами типа «git rm --cached *.sh», потом запускается второй скрипт, который добавляет в проект все нужные файлы - командами типа «git add *.sh». В старых коммитах случайные файлы останутся для истории, а в новых их не будет, пока опять случайно туда не запихнёшь.