История изменений

Ну тут два варианта. Можно и массив (главное чтобы ноды помнили, где чей родитель), так удобнее будет, например, сохранять дерево обратно в файл - просто идти по массиву от начала к концу и расставлять отступы согласно ссылкам на родителей, а можно и сделать

class Node 
{ 
    Node parentNode;
    List<Node> childNodes;
    String content;
}

Ну тут два варианта. Можно и массив (главное чтобы ноды помнили, где чей родитель), так удобнее будет, например, сохранять дерево обратно в файл - просто идти по массиву от начала к концу и расставлять отступы согласно ссылкам на родителей, а можно и сделать

class Node { 
    Node parentNode;
    List<Node> childNodes;
    String content;
}