Исправление invy, 25.06.16 13:19 (текущая версия) :
Генерируй(копируй) конфиги системой сборки в build директорию (куда собирается программа). И пусть там меняет как ему хочется.
Исходная версия invy, 25.06.16 13:18:
Генерируй конфиги системой сборки.