История изменений

Ну так возьми и напиши копирование своего бутстрапа и jquery из node_modules куда надо в своём package.json (в build, например). И npm, и yarn это умеют.

Единственный момент с этими npm scripts — это windows: если хочешь, чтобы твой пакет ещё и там можно было собрать, то нужно пользовать только то, что и в cmd.exe сработает. Но и для этого есть пакеты.

Ну так возьми и напиши копирование своего бутстрапа и jquery из node_modules куда надо в своём package.json (в build, например). И npm, и yarn это умеют.