История изменений

Про порочность этой идеи и правильный submodule уже написали, а вообще это делается просто - делаешь коммит в служебном проекте который перемещает всё в нужную поддиректорию (по вкусу можно вместо этого сделать filter-branch чтобы выглядело так как будно он всегда был в этой поддиректории), потом добавляешь этот репозиторий как remote в основном репозитории и делаешь merge --allow-unrelated-histories.

Про порочность этой идеи уже написали, а вообще это делается просто - делаешь коммит в служебном проекте который перемещает всё в нужную поддиректорию (по вкусу можно вместо этого сделать filter-branch чтобы выглядело так как будно он всегда был в этой поддиректории), потом добавляешь этот репозиторий как remote в основном репозитории и делаешь merge --allow-unrelated-histories.