Ввожу спецсимволы через правые CTRL+SHIFT+код символа в юникоде. В консоли и во многих программах они правильно вводятся, а в geany по тем же кодам вводятся другие символы.
Решил проблему вот так: http://libreportal.net/advice/input-unicode-characters-linux.html