> Но ведь последний элемент и есть каталог!
Где гарантия? Попробуй find /var/ftp/pub -type d

Почему ты решил, что последний файл каталог?

Попробуй последнюю команду заменить:

paste /tmp/tmplist /tmp/tmplist.encoded | xargs -l1 mv

если я правильно понял, что тебе надо.

не, так он выкинет мне просто список каталогов. А мне это не нужно.

find у меня ищет все фалы и каталоги в данном каталоге. И список по идее начинается с каталога. Потом я добавляю кавычки с начала и с конца, дабы не было траблов с файлами с пробелами в имени и iconv'лю кодировку. Один вопрос - как надо добавить аргументы для mv?

Нельзя так делать. Во первых нужен mv для _каждого_ файла отдельно. Во вторых возможны проблемы с русскими именами каталогов. В третьих cp1251->koi8-r не всегда возможно. Попробуй так:

find /var/ftp/pub -depth | while read f ; do
fenc=`iconv -f cp1251 -t koi8r <<<"${f##*/}"`
mv "$f" "${f%/*}/$fenc"
done

Поправка

Еще стоит проверить ошибки и нужность перекодирования:

find /var/ftp/pub -depth | while read f ; do
fenc=`iconv -f cp1251 -t koi8r <<<"${f##*/}"` || continue
test "${f##*/}" = "$fenc" || mv "$f" "${f%/*}/$fenc"
done