Я руками конфиги прописывал, через файлы вот тут:
/home/<user>/.mozilla/firefox/<profile_name>.default/extensions/https-everywhere@eff.org/chrome/content/rules
Расширение наверно обновилось незаметно. Его правила - работают. То, что, я прописал в разных файлах - перестало.