У меня на одной машине с Debian Sid значок KeePass 2 в трее есть без всяких плагинов.

Да вот это и не понятно, он по идеи должен по дефолту работать но не работает.

Есть плагин keepass2-plugin-application-indicator

keepassx и keepass2 — это два разных приложения с разными форматами БД, использующих разные графические тулкиты.

грамотно затер, а исключая мою слепоту, есть варианты?

с разными форматами БД

Есть два формата - kdb (KeePass 1.x) и kdbx (KeePass 2.x). Других нет. Вторая версия KeePass умеет делать экспорт в kdb. KeePassX не умеет (пока) работать с kdbx.

Похоже это зависит от Mono и/или версии KeePass 2.

Зависит будет ли трей работать?

Да.
У меня такой прикол: есть две машины с Debian, версии Mono и KeePass 2 одинаковые. На одной значок в трее есть, на другой нет. Не знаю с чем это связано.

хм..подумаю над этим спс

Поставил не чего не изменилось(

А версия Mono какая?

Поставил отсюда https://launchpad.net/~dlech/ archive/keepass2-plugins пакет keepass2-plugin-application-indicator версии 0.4.3.4 для Saucy, значок появился.

Да видишь в чем прикол плагин этот не подходит для keepassx а моно версию скажу как дома буду, спас за внимание

Keepassx не умеет в индикаторы, а обычный трей в убунте выпилили, оставив только для wine и java приложений.

По-моему мы говорим о разных приложениях..

Видимо ты про keepass а я про keepassx)

keepassx 2.0 beta 1

keepassx --version keepassx 2.0 beta 1 Вот он работает в трее