Устанавливал убунту и поставил галку шифровать домашний каталог. Сейчас разметка одного из жестких такая:
Disk /dev/sdb: 1000.2 GB, 1000204886016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 121601 cylinders, total 1953525168 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disk identifier: 0x0002b530
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sdb1 2048 78125055 39061504 83 Linux
/dev/sdb2 78127102 1953523711 937698305 5 Extended
Partition 2 does not start on physical sector boundary.
/dev/sdb5 78127104 1953523711 937698304 83 Linux
Как я понимаю, там ecryptfs и ничего страшного произойти не должно. Но слегка смущает вот это:
Partition 2 does not start on physical sector boundary.