История изменений

Конкретно в твоём случае:

1. debug-prefix-map - не знаю что это, думаю оно не нужно
2. пути к модулям - это кастомные (неофициальные) модули, которые добавлены дебиановскими мейнтейнерами, ты можешь либо тоже их добавить (если нужны), разумеется указав свой путь к ним, либо удалить если не нужны
3. не знаю зачем ты собираешь 1.10.3 когда уже более новые версии есть, насколько мне известно конфиги (nginx.conf всмысле - конфиг конкретного веб-сервера) от старых nginx-ов можно без изменений использовать в новых, всё будет работать

Конкретно в твоём случае:

1. debug-prefix-map - не знаю что это, думаю оно не нужно
2. пути к модулям - это кастомные (неофициальные) модули, которые добавлены дебиановскими мейнтейнерами, ты можешь либо тоже их добавить (если нужны), разумеется указав свой путь к ним, либо удалить если не нужны
3. не знаю зачем ты собираешь 1.10.3 когда уже более новые версии есть, насколько мне известно конфиги (nginx.conf всмысле - конфиг конкернтого веб-сервера) от старых nginx-ов можно без изменений использовать в новых, всё будет работать