wget

wget -c http(or ftp)://somehost.com/somefile.zip - скачает полностью (если первый раз) или продолжит докачку.

Чтобы остановить, думаю можно его просто кильнуть (killall wget) и ничего критического не произойдет, потом продолжить.

А еще есть такая команда man. Тоже полезная.

А куда он закачивает файлы по дефолту и как указать путь куда закачивать?

Закачивает он в текущий каталог (возможно, что создаст в нем еще некие каталоги, по каковому поводу настоятельно советую прочитать man).