Исправление Bass, (текущая версия) :
run-mailcap или, если ты еретик, xdg-open.
Ещё mc.ext, кстати.
Если у тебя Linux, то на уровне ядра можно решить через binfmt_misc.
Наконец, если JAR пакуешь лично ты, то в заголовок JAR можно записать shell-сценарий, который будет отрезать голову (себя) от $0, а хвост будет скармливать твоему java -jar. Посмотри, например, как это реализовано у ktlint.
Исходная версия Bass, :