Все зависит от того, какой у тебя дистрибутив.
Например, у меня тяжкое наследие mdk 8.0 - /etc/rc.d/rc.firewall
Если я все правильно понимаю, то у asp в /etc/rc.d/init.d/network
То, что ты называешь, очень похоже на rh, но его я подробно не копал.
Вряд настройки изменятся сразу. Я, честно говоря, не работал с iptables, но если это сделано аналогично ipchains (что было бы логично), то новые настройки будут использованы при перезагрузке или в других ситуациях, когда /etc/rc.d/init.d/iptables читает свой конфиг (запуск этого скрипта с параметром reload и др). И совсем не обязательно, что в результате использования прежних настроек защита отключится - неизвестно, что там изначально были за настройки, фаерволл мог быть настроен и при установке системы.
