У меня полностью x86_64 Gentoo но директории lib64 заместо lib дают возмущение в силе.
Как избавиться от них?
Пока добавил в /etc/make.conf строчку LIBDIR_amd64=«lib» и превратил эти директории в мягкие ссылки на настоящие директории lib.
Но при полном удалении система перестаёт нормально работать, так как эти директории прописаны где то ещё.
Например: ldd /bin/ls одну либу выводит /lib64/ls-linux-x86-64.so.2 (0x00007f39a4753000).