Дело, похоже, не в клиенте, в Pidgin и Psi+ ситуация одинаковая. Ещё замечено что в Xabber даже если нажать 'Выйти из конференции', 'Удалить конференцию из закладок', сообщения из неё продолжают приходить. Причём, такая ситуация не по всех конференциях, вот например так в linux.org.ru@conference.jabber.ru. На скриншоте двоятся только последние сообщения, потому что предыдущие это история.
Как быть и что делать?