История изменений

Или я делаю что-то не так?

Так и есть не читаешь, что тебе пишут и не смотришь ebuild`ы устанавливаемого пакета. Начиная с версии glibc-2.15 не должно быть установлено nss-db:

RDEPEND="!sys-kernel/ps3-sources
	        selinux? ( sys-libs/libselinux )
	        !sys-libs/nss-db"

А если заглянешь в changelog, то узнаешь почему:

03 May 2012; Robin H. Johnson <robbat2@gentoo.org> glibc-2.15-r1.ebuild,
  glibc-9999.ebuild:
  New glibc now includes nss-db again, so block the old sys-libs/nss-db package.

http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/sys-libs/glibc/Change...

Или я делаю что-то не так?

Так и есть не читаешь, что тебе пишут и не смотришь ebuild`ы устанавливаемого пакета. Начиная с версии glibc-2.15 не должно быть установлено nss-db:

RDEPEND="!sys-kernel/ps3-sources
	        selinux? ( sys-libs/libselinux )
	        !sys-libs/nss-db"

А если заглянешь в changelog, то узнаешь почему:

03 May 2012; Robin H. Johnson <robbat2@gentoo.org> glibc-2.15-r1.ebuild,
471	  glibc-9999.ebuild:
472	  New glibc now includes nss-db again, so block the old sys-libs/nss-db package.

http://sources.gentoo.org/cgi-bin/viewvc.cgi/gentoo-x86/sys-libs/glibc/Change...