Исправление Lavos, 02.01.14 12:02 (текущая версия) :
Для актуальных версий ffmpeg, для древних выше постили.
ffmpeg -i video -i audio -map 0 -c:v copy -c:a copy -y video_audio.mkv
Исходная версия Lavos, 02.01.14 12:01: