История изменений

На счет репозиториев, вот оно что, а я думал, все легально, чисто, и безопасно.

В основном оно так. Но все мы люди, всякое бывает. Мантейнер может обидеться на белый свет. Либо разработчик ПО, а мантейнер может не заметить/не проверить/и т.п. Утерю ключей/паролей тоже исключать нельзя. Опять же, проверить весь, к примеру, KDE мантейнеру, поддерживающему его в дистрибутиве, не реально, а тот же KDE разрабатывается, тоже, большой группой. KDE на сервере, разумеется, не нужен, но и тот же apache пишут люди, а кто-то кладёт в репозитарий.

А как можно за всем следить, я вот тоже об этом думал, столько всего.
как это уместить все в одно место и что бы понятно было что происходит

Это так быстро не расскажешь. Вариантов много. Я бы сказал, что лучше запустить веб-сервер в виртуалке, а следить из хост-системы. Но и это может быть спорно в некоторых случаях. Можно контрольные суммы установленных файлов проверять, логи писать не локально, а на другой хост...

На счет репозиториев, вот оно что, а я думал, все легально, чисто, и безопасно.

В основном оно так. Но все мы люди, всякое бывает. Мантейнер может обидеться на белый свет. Либо разработчик ПО, а мантейнер может не заметить/не проверить/и т.п. Опять же, проверить весь, к примеру, KDE мантейнеру, поддерживающему его в дистрибутиве, не реально, а тот же KDE разрабатывается, тоже, большой группой. KDE на сервере, разумеется, не нужен, но и тот же apache пишут люди, а кто-то кладёт в репозитарий.

А как можно за всем следить, я вот тоже об этом думал, столько всего.
как это уместить все в одно место и что бы понятно было что происходит

Это так быстро не расскажешь. Вариантов много. Я бы сказал, что лучше запустить веб-сервер в виртуалке, а следить из хост-системы. Но и это может быть спорно в некоторых случаях. Можно контрольные суммы установленных файлов проверять, логи писать не локально, а на другой хост...