История изменений

вроде все хорошо, но не вижу преимуществ перед FHS

Ну, есть отличия. На первый взгляд:

• /usr merge
  
• Точно сформулировано назначение /etc и указано, что эта директория может быть вообще недоступна (тогда программам нужно применить дефолтные настройки).
  
• /usr/share/factory/etc и /usr/share/factory/var
  
• /run вместо /var/run
  
• Изменение ролей /tmp (для маленьких временных файлов, которые можно удалить без проблем, чтобы можно было смонтировать в tmpfs) и /var/tmp (для остальных временных файлов)
  
• Выкинуто большинство исключений и особых правил, например, для X11.

Ах да, и нету /usr/local и /opt.

и в ~ он зря полез, это территория XDG.

Видимо, это для systemd в режиме пользовательской сессии.

вроде все хорошо, но не вижу преимуществ перед FHS

Ну, есть отличия. На первый взгляд:

• /usr merge
  
• Точно сформулировано назначение /etc и указано, что эта директория может быть вообще недоступна (тогда программам нужно применить дефолтные настройки).
  
• /usr/share/factory/etc и /usr/share/factory/var
  
• /run вместо /var/run
  
• Изменение ролей /tmp (для маленьких временных файлов, которые можно удалить без проблем, чтобы можно было смонтировать в tmpfs) и /var/tmp (для остальных временных файлов)
  
• Выкинуто большинство исключений и особых правил, например, для X11.

и в ~ он зря полез, это территория XDG.

Видимо, это для systemd в режиме пользовательской сессии.

вроде все хорошо, но не вижу преимуществ перед FHS

Ну, есть отличия. На первый взгляд:

• /usr merge
  
• Точно сформулировано назначение /etc и указано, что эта директория может быть вообще недоступна (тогда программам нужно применить дефолтные настройки).
  
• /usr/share/factory/etc и /usr/share/factory/var
  
• /run вместо /var/run
  
• Изменение ролей /tmp (для маленьких временных файлов, которые можно удалить без проблем, чтобы можно было смонтировать в tmpfs) и /var/tmp (для остальных временных файлов)
  
• Выкинуто большинство исключений и особых правил, например, для X11.