История изменений

Сделать diff двух файлов. Отличия должны быть только такие, что у одного файла на этом месте нули, а у другого - нет. Соответственно, оттуда где данные скопировать туда, где нули.

Можно написать простую программу или скрипт, которые считывают по байтику из каждого файла и если один из них ноль, а другой нет, то пишут ненулевой на место нулевого.

Это если образы действительно одинаковые и реально отличаются только именами файлов (длина вообще не о чём не говорит, ISO-образ, скажем, может быть дополнен мусором до полного размера CD/DVD-диска). Если разные, то задача решения не имеет. Вообще не имеет.

Вариант с двумя копиями torrent-клиента тоже не плох, но я бы посоветовал тебе сначала сделать резервные копии этих файлов. Вдруг что-то пойдёт не так. Также интересно где хранится список хешей отдельных блоков файла (любой torrent-файл делится на блоки по N мегабайт, все передачи между клиентами идут блоками, каждый блок имеет свой собственный хеш, проверка целостности происходит поблочно). Возможно, будет обязательно наличие связи с другими пирами, у которых есть этот файл, чтобы получить эту информацию. Без метаданных же проверить целостность файла не представляется возможным (ну реально, как узнать, на этом месте в файле должны быть нули или он таки не докачен). А ещё что если есть какой-то блок, которого не хватает в обоих файлах?

Сделать diff двух файлов. Отличия должны быть только такие, что у одного файла на этом месте нули, а у другого - нет. Соответственно, оттуда где данные скопировать туда, где нули.

Можно написать простую программу или скрипт, которые считывают по байтику из каждого файла и если один из них ноль, а другой нет, то пишут ненулевой на место нулевого.

Это если образы действительно одинаковые и реально отличаются только именами файлов (длина вообще не о чём не говорит, ISO-образ, скажем, может быть дополнен мусором до полного размера CD/DVD-диска). Если разные, то задача решения не имеет. Вообще не имеет.