История изменений

Ставятся они через «Магазин приложений», если что :-)

Ставятся они через flatpak, что явно отличается от пакетов из стандартных репозиториев. Если оно интегрировано в «Магазин приложений» (что это?) - хорошо, но это не преимущество формата flatpack. А ограничения доступа там задаются в пакете или можно использовать тот же firejail?

Обновляются да, отдельной программой, но пользователю-то какая разница

Не скажу за каждого пользователя, но мне разница есть - я привык обновлять систему одной командой.

Ставятся они через «Магазин приложений», если что :-)

Ставятся они через flatpak, что явно отличается от пакетов из стандартных репозиториев. Если оно интегрировано в «Магазин приложений» (что это?) - хорошо, но это не преимущество формата flatpack. А ограничения доступа там задаются в пакете или можно использовать тот же firejail?

Обновляются да, отдельной программой, но пользователю-то какая разница

Не скажу за каждого пользователя, но а мне разница есть - я привык обновлять систему одной командой.