Говорят, в org-roam, у которого есть кросивое вебное гуй, маркдовн подвезли. Теперь нет оснований не пользоваться. Ну вот просто ни одного.
Для сомневающихся — с поиском там все в порядке, ag по тексту искать еще не разучился. Или что там ваша религия одобряет для поиска по тексту.