Хочу чтобы при запуске программы (пусть это будет VirtualBox) система требовала пароль, отличный от пользовательского.
В целях повышения сохранности данных. Можно добавить шифрование и уникальные для каждого приложения пароли.
Думаю, распространять подобное на каждый исполняемый файл из PATH не стоит: это и не имеет смысла, и придётся слишком многое переписать. Хватит подобной системы всего для нескольких графических приложений.
Такое вполне можно предложить KDE'шникам. Как вам идея?)