Иди в гугл вебмастер и смотри там. Вероятно это старый индекс, еще тех времен когда такие ссылки на сайте с этим доменом были. А так как сейчас эти ссылки не отдают 404 то гугл их с индекса не удаляет. Либо вычищай в ручную либо нужно что бы все эти страницы отдавали 404, тогда гугл в течении 90 суток выпилит их сам.
Главная страница уже в индексе. Но то что урлы несуществующих страниц продолжают отдавать код 200, это в последствии переиндексируется в страницы дубли. Т.е. гугл их никуда не выкинет, просто он по всем ссылкам которые сейчас в индексе, будет содержать информацию с главной, так как сейчас ссылки ведущие на несуществующие страницы никак не обрабатываются и отдают код 200, и гул считает что ссылка есть, только теперь содержит то же самое что и на главной. Дубли это такое же зло как и выдача несуществующих страниц. Избавиться от этих ссылок можно либо вручную через веб морду гугла, либо начать отдавать по всем несуществующим ссылкам 404, либо поколдовать с robots.txt, но не факт что гугл воспользуется директивами из robots.txt, вернее не фат что это произойдет через адекватное количество времени.