apache - два лога одновременно

Без извращений - вроде никак. А зачем?

что-то типа:

CustomLog «|| /usr/bin/tee -a all_hosts.log > vhost.log» vhost_combined

над апачем поставь ngix и будет тебе общий лог

я подобное делал другим способом - кастомный скрипт, которому апач шлет logstring, а он его парсит и куда надо ложит.
еще можно класть логи в мускуль. и затем генерить какие-угодно отчеты по желанию.

И какую нагрузку это всё будет держать?

с мускулем не знаю, не пробовал. а оверхед от скрипта не такой большой на самом деле, тем более что там скрипт вида:
while read line; do
...
done

и в этом бесконечном цикле будет всего два echo в случае ТС.

Скрипт вызывается на каждую строку лога? Это уже не мало.

нет. скрипт работает постоянно, висит в памяти и читает строки в бесконечном цикле, которые апач передает ему пайпом.