Джон Райс в своей статье рассказывает, как легко и просто можно интегрировать Java-приложения в GNOME Desktop, используя биндинги "Java GNOME" к системным библиотекам GNOME и Cairo.
"Java GNOME" Bindings являются неким аналогом библиотеки Eclipse SWT, то есть, используя "прослойку" -- механизм Java Native Interface (JNI) -- приложение строит свой визуальный интерфейс из нативных компонентов-виджетов GTK, события от которых обрабатываются внутри Javа-приложения.
Родная тема "Nimbus" для JFC/Swing пока находится в стадии разработки и полностью не готова (см. недавнюю статью). Автор указанной статьи на примерах показывает, что использование такой же, но нативной (!) темы GTK в Java-приложениях вполне реально. При этом Java-приложения будут выглядеть и вести себя точно так же, как любое другое приложение, написанное на языке C для среды GNOME.