Запущен новый российский суперкомпьютер

> Ну я будучи химиком по образованию, замечу! Квантовая химия как наука существует очень давно!

Квантовая химия как наука существует давно. Вычислительная в том числе. Но разрабатывать вычислительные методы квантовой химии без суперЭВМ нельзя. Обсуждаемая здесь - уже не суперЭВМ.

А от себя добавлю, обидно что делают на Интелах

Не знаю, порадую Вас или нет, но есть люди, серьезно работающие над NWChem и GAMESS для BlueGene и Blue Waters. Ваш покорный слуга в том числе.

вместо того чтоб вкладывать деньги в развитие Эльбруса

Сыгранная карта? Деньги на ветер.

> Господа.... ну «що же ви» , pubmed в руки и abinitio MD. CPMD.org туда же

CPMD не масштабируется.

Моделирование в биологических системах становится всё более нужно, так как с мощью калькуляторов растёт размер систем. Гранты по молекулярно биологическим топикам получать не сложно. И результаты публиковать не очень тяжело. Может ещё и на медицинское применение наткнётесь, тогда ..... А тут всё зависит от активности и обстоятельств

>CPMD не масштабируется. Щито? вы троль? спросите народ из интела. У меня в среднем 256 ядер и коофицент 0.8-0.9 на чебышеве. Я считаю из всего, что здесь упоминалось CPMD имеет наилучшую маштабируемость с mvapich-intel. И внимание, никакого использования HDD для swap. Может вам не повезло с компиляцией? Одна засада это псевдопотенциалы, но и с этим жить можно.

> спросите народ из интела.

Чего мне их спрашивать, я сам с Alessandro массу времени убил.

Я считаю из всего, что здесь упоминалось CPMD имеет наилучшую маштабируемость с mvapich-intel.

Значит опыта у Вас еще мало. Когда количество атомов в системе подойдет к 10,000, тогда и пообсуждаем.

> интела

Кстати, права на CPMD принадлежат IBM.

> Значит опыта у Вас еще мало. Когда количество атомов в системе подойдет к 10,000, тогда и пообсуждаем.

У вас QM система 10,000 ? Если вы про QM/MM то у меня СPMD / GROMACS . А в GROMACS рибосома целиком легко считается а это 3000000 атомов, рибосма + вода

>Значит опыта у Вас еще мало

мерить опыт .... это так по лоровски.

Это очень была бы очень позитивная новость, куда позитивней сборки из китайских комплектующих.

Бугагагага. Ты действительно такой трудный или просто prishel_potrollit ?

Чем по твоему стан принципиально отличается от HPC кластера? Тем что у тебя есть необоснованные иллюзии что ты можешь его сам собрать из китайской комплектухи? :):):);).

Стан скорее всего целиком из германии привезут, или из японии. Сколько в нем будет китайских комплектующих - при том что даже много десятилетий назад прокатные станы управлялись компутерами(мейнфремами типа VAX например), так вот, сколько будет китайских комплектующих в современном насыщенном электроникой оборудовании - отдельная песня. Ты в курсе например, что в стоимости современного танка электроника это 60% гдето? :)

Это был раз. Два - новости про установку «новых прокатных станов» интересны сейчас только профессионалам. Вообще говоря специалисты пишут что замена оборудования идет нормальными темпами. Учитывая что его меняют/ставят новое раз во много (иногда десятков) лет. У меня личный пример гиганского соседнего завода есть.

То что старшее поколение приучило тебя что «новости про станы это 111» - это твои личные, глубоко сексуальные трудности. То что тебе известно про кластер но неизвестно про стан - так ты айтишник и айти-хоббист. Зашел на сайт про этот ваш линупс и прочитал новость про линупс кластер. И это похоже глубоко травмировало некрепший мозг - как же это, если на ЛОР нет новостей про прокатные станы, значит «сраная xxx катитсяв сраное yyy», да? :)

Собирали и писали несколько разные вещи. Слишком БулгенОсью попахивает.

Как и в случае с Булгеносью «писатели» ту не при чем. А при чем тотально долбодятловое состояние СМИ и прочих связанных структур в РФ.

Вам может оказаться интересным.

http://iopscience.iop.org/1742-6596/125/1/012014/pdf/jpconf8_125_012014.pdf

> мерить опыт .... это так по лоровски.

Простите. Занесло.

> Вам может оказаться интересным.

Залогинился. да я это уже заметил, что малые системы скалируются так себе. И всё очень зависит от интерконекта. У меня рабочая система на 192 QM (VDB PP) атома остальное ММ.

NUMBER OF PLANE WAVES FOR WAVEFUNCTION CUTOFF: 173486 NUMBER OF PLANE WAVES FOR DENSITY CUTOFF: 1387404

128 ядер и один SCF шаг

NFI GEMAX CNORM ETOT DETOT TCPU 1 0.000310 0.000029 -1187.20279 0.000000 13.23 sec

Могу в реальном времени выдать вам маштабируемость, для этой системы. 16-32-64 ядра. Поверьте я всё это тестил и на чебышеве только priroda где-то не далеко отстала. и вот ссылочка http://www.hpcadvisorycouncil.com/pdf/CPMD_Performance_Profiling.pdf

Чем по твоему...

Это надо было столько написать... По поводу танка улыбнуло

> для этой системы. 16-32-64 ядра

Моя работа начинается с 8К ядер.

>>Два - новости про установку «новых прокатных станов» интересны сейчас только профессионалам.

Объясняю для ИТдятлов. Новостей про остановку прокатных станов, консервирование заводов, распил их на металлолом до фига. Новости про запуски новых производственных мощностей можно пересчитать по пальцам за последние 10-20 лет. Так что новости про новые прокатные заводы и станы куда положительнее, чем «Рашка за деньги налогоплательщиков купила у китайцев ещё один суперкомпьютер».

как же это, если на ЛОР нет новостей про прокатные станы, значит «сраная xxx катитсяв сраное yyy», да? :)значит «сраная xxx катитсяв сраное yyy»

Их нигде нет, так как причин для таких новостей тоже нет, и это автоматически означает, что «сраная xxx катитсяв сраное yyy». Наиболее актуальная последняя новость о производстве звучала приблизительно так: «просрали все полимеры».

То что старшее поколение приучило тебя что «новости про станы это 111» - это твои личные, глубоко сексуальные трудности.

Посвисти мне ещё. То, что для потреблядей куда важнее выпуск нового айфона или игрушки на арме под управлением виндос СЕ, чем запуск местного производства не означает, что потребляди правы. Это только означает, что они потребляди.

У меня личный пример гиганского соседнего завода есть.

А у меня был. Потому что я сейчас чувствую себя гораздо лучше этого гигансткого завода.

Скоро услышим про суперкомпьютер, работающий под ОС Bolgenos SKIF, с процессорами в памяти

> NUMBER OF PLANE WAVES FOR WAVEFUNCTION CUTOFF: 173486

NUMBER OF PLANE WAVES FOR DENSITY CUTOFF: 1387404

Что-нибудь такое:

NUMBER OF PLANE WAVES FOR WAVEFUNCTION CUTOFF: 626889

NUMBER OF PLANE WAVES FOR DENSITY CUTOFF: 5013108

Впрочем, не важно. Я понял, что Вы хотели сказать, Вы, похоже, поняли, что я имел ввиду.

тогда аргументы кончились :) я больше 512 не тестировал. Да я не знаю программ которые до 512 скалируются как CPMD. И как 8к ядер считают 10К qm атомов ? pw?

band parallelization?

Главная проблема всех ab-initio DFT. QBOX - лучший, но умеет мало.

>band parallelization?

в output не нашел... вот это может сравнить, но это 70 атомов и 64 ядра

= PERFORMANCE TOTAL TIME =

= SEND/RECEIVE 712.514 MB/S 0.819 SEC =

= BROADCAST 83.153 MB/S 0.600 SEC =

= GLOBAL SUMMATION 112.263 MB/S 1068.971 SEC =

= GLOBAL MULTIPLICATION 0.000 MB/S 0.001 SEC =

= ALL TO ALL COMM 32.987 MB/S 29492.925 SEC =

= SYNCHRONISATION 0.923 SEC =

QBOX надо потестить... но без TDDFT как-то уже не перспективно. И мне всё таки важна связка с ММ ибо объекты большие, биологические. А писать свой интерфейс к QBOX просто нет времени, по грантам надо отчитываться статьями

Вот у меня, система дана выше. Синхронизация искусственная, это я тестировал.

= PERFORMANCE TOTAL TIME =

= SEND/RECEIVE 30.366 MB/S 9.669 SEC =

= BROADCAST 211.822 MB/S 57.186 SEC =

= GLOBAL SUMMATION 670.308 MB/S 217.122 SEC =

= GLOBAL MULTIPLICATION .000 MB/S .001 SEC =

= ALL TO ALL COMM 210.674 MB/S 207.003 SEC =

= SYNCHRONISATION 95.674 SEC =

а если не секрет это какой интерконект? infiniband?

BG/P

стоит признать, этот интерконект сильно быстрее infiniband. для нас подобные технологи наверняка продаются, но выбор архитектуры вероятно диктуется возможностью сделать поставки комплектующих наименее зависимыми от одного источника (IBM). спасибо за дискуссию, просветился.

> для нас подобные технологи наверняка продаются

боюсь, нет. Вам всего!

>боюсь, нет. Вам всего!

Это не оно ?

http://hpc.cmc.msu.ru/

Оно, но вместе, а не по частям. Человек хотел только interconnect.

Количество сильно ограничено. Про цену вообще молчу. И насчет поддержки я не уверен.

>Оно, но вместе, а не по частям. Человек хотел только interconnect.

А-а-а ... ну это мало кому продадут отдельно... как и креевский и sgi-шный

Объясняю для ИТдятлов.

Бгггг. Не понравилось что итшником назвали ? Решил «сам дурак» сказать? Мог бы и фантазии немного проявить :):):)

Новостей про остановку прокатных станов, консервирование заводов,

распил их на металлолом до фига.Новости про запуски новых

производственных мощностей можно пересчитать по пальцам за последние

10-20 лет. ...

Новости про новый прокатный стан никому реально кроме узкой группы инвесторов не нужны. Даже заказчикам продукции. Про то что огромный завод по соседству проапгрейдали почти целиком я лично узнал даже не от знакомых рабочих( им пофиг до этого). А от тех знакомых товарищей что писали программы для тамошних робатов. А ведь ничего в новостях не было - только новость о том что завод в очередной раз купили. Новости про HPC кластеры тоже нафиг не нужны никому кроме итшников, кстате.

Но вот новости про то что «остановился прокатный стан который как магический фетиш отгонял зло и теперь всех сьедят китайцы, американцы, ... » определенная категория населения потребляет чавкая, давясь от передания и с жаждой в глазах. :) Эти новости, мой (вечно?) юный друг, пишут для тебя :)

Так что новости про новые прокатные заводы и станы куда положительнее,

Тебе не нужны положительные новости. Ты в них тупо не веришь, ищешь подвоха и плохо хаваешь комбикорм. По этому тебе пускают новости про то как все ужасно, и ты бегаешь бродрячком. Это бизнес, ничего личного. Востребованы «новости» вида «нанороботы чубайса строят базу на луне» и новости «последний прокатный стан череповца отгонявший авианосцы сша, остановился. МЫ ВСЕ УМРЕМ111».

Не нужна никому массово информация в РФ. Вот ее и нету. Есть массовое развлекалово.

чем «Рашка за деньги налогоплательщиков купила у китайцев ещё один

суперкомпьютер».

Эти люди меня еще рассказывают про просер полимеров. «Рашка», бугага. «купила у китайцев», хехехе. Вы же неадекватны - кольните себе галоперидолу.

Их нигде нет, так как причин для таких новостей тоже нет, и это

автоматически означает, что «сраная xxx катитсяв сраное yyy».

Наиболее актуальная последняя новость о производстве звучала

приблизительно так: «просрали все полимеры».

Это жопоголизм в терминальной стадии. Как вы еще не умерли от того что так страшно жить???? А может все еще впереди...

Посвисти мне ещё. То, что для потреблядей куда важнее выпуск нового

айфона или игрушки на арме под управлением виндос СЕ, чем запуск

местного производства не означает, что потребляди правы. Это только > значает, что они потребляди.

То есть тебе таки промыли мозги на тему «прокатный стан - 1111» и ты теперь действуешь под влиянием этого заблуждения.

А у меня был. Потому что я сейчас чувствую себя гораздо лучше этого

гигансткого завода.

Вот и хорошо. Я за тебя рад :):):)

стоит признать, этот интерконект сильно быстрее infiniband. для нас подобные технологи наверняка продаются,

При чем тут быстрее, наше все это латентность.

Основными COTS вундервафлями для интерконнекта самосборного HPC кластера являются, как мне помнится, Myrynet и SCInet . Подобные технологии от IBM и SGI не продаются отдельно в основном потому что не существуют отдельно от решений - самих кластеров.

>Зашел на сайт про этот ваш линупс и прочитал новость про линупс кластер. И это похоже глубоко травмировало некрепший мозг - как же это, если на ЛОР нет новостей про прокатные станы, значит «сраная xxx катитсяв сраное yyy», да? :)

Интересная логика. Это с каких веществ так башню рвет?

Любой нормальный человек понимает или ему очень просто объяснить, что абстрактный «прокатный стан» находится гораздо ближе к конечному потребителю, чем абстрактный «СКИФ-Аврора». Последний не производит таблеток, стиральных машин и холодильников, а рассуждения, что новости про «прокатный стан» никому не нужны - не более чем демагогия...

стойки похожи на APC шные.

>>Бгггг. Не понравилось что итшником назвали ? Решил «сам дурак» сказать?

В отличии от подобных тебе дятлов, мой мир не ограничивается ИТ.

«Рашка за деньги налогоплательщиков купила у китайцев ещё один суперкомпьютер». Вы же неадекватны - кольните себе галоперидолу.

Заменяем «Рашка» на «Россия». Что-то изменилось? Есть что возразить?

последний прокатный стан череповца отгонявший авианосцы сша, остановился. МЫ ВСЕ УМРЕМ111"

Ты давно лечение проходил? Больной, вернитесь в палату, Наполеон скучает.

Тебе не нужны положительные новости. Ты в них тупо не веришь, ищешь подвоха и плохо хаваешь комбикорм.

Верю. Но положительных новостей не вижу. Разве что выступления Путина про нанотехнологии. Ты сам в них веришь?

Как вы еще не умерли от того что так страшно жить???? А может все еще впереди...

Открою тебе секрет: ты тоже умрешь. Никто не вечен.

> При чем тут быстрее, наше все это латентность.

Интересно, как из информации, приведённой выше, Вы сделали вывод о задержке. Кстати, речь об аппаратной, программной, или обшей задержке?

Интересно, как из информации, приведённой выше, Вы сделали вывод о задержке. Кстати, речь об аппаратной, программной, или обшей задержке?

Человек написал что «там канал быстрее»(в общем смысле) я написал что быстрее в HPC не очень важно. В HPС в свойствах интерконнект канала важнее латентность. Выразился кратко.

Интересная логика. Это с каких веществ так башню рвет?

Это не моя логика. Это внутренняя логика функционирования жопоголика работающего в сфере ИТ.

То что в этой логике функционируют 99% пишуших на лор малолетних и немалолетних долбодятлов, это есть проблема. Но проблема почти неразрешимая. Так как эта проблема является следствием крайне неадекватного восприятия реальности у огромных масс населения. А это уже можно вылечить только через многолетний процесс вменяемого образования. Так что глухо.

А-а-а ... ну это мало кому продадут отдельно... как и креевский и sgi-шный

Слушай, секретный сисадмин :), а на твоем девайсе информация об интерконнекте секретная? Или можешь поделится с общественностью :)?

> я написал что быстрее в HPC не очень важно. В HPС в свойствах интерконнект канала важнее латентность. Выразился кратко.

Я так и понял. Это неправда. В HPC всё зависит от решаемой задачи, а именно от 1) количества сообщений и 2) от длины каждого сообщения. Ни та ни другая информация не была приведена, и посему, делать вывод о задержке нельзя.

Если в задаче посылается много мелких сообщений (пример - любой спектральный CFD) - важна задержка, ширина канала не используется.

Если в задаче мало очень длинных сообщений (пример - обсуждаемый выше CPMD) - важна ширина канала, задержка составляет незначительную часть времени от всей передачи.

> а на твоем девайсе информация об интерконнекте секретная?

Вы вновь невнимательны - речь шла не об информации, а о доступности технологии (возможность покупки, или что ещё лучше, возможность лицензирования). Какая Вам польза от знания того, что аппаратная задержка тора в BG/P - 0.8 us?

Любой нормальный человек понимает или ему очень просто объяснить, что

абстрактный «прокатный стан» находится гораздо ближе к конечному

потребителю, чем абстрактный «СКИФ-Аврора». Последний не производит

таблеток, стиральных машин и холодильников,

у вас тяжелая форма синдрома «прокатный стан - 1111». В современном производстве от сырья до детальки проходит ОЧЕНЬ много этапов, при чем проходит до каждой из множества деталек в любом устройстве. Кластер тут это «станок» существенно положительно влияющий на некоторые детальки. И степень влияния кластера, прокатного стана и допустим станка по лазерной резке в конечном продукте может реально более менее оценить только человек очень хорошо разбирающийся в предмете. В том числе учитывающий что кластер был применен и для разработки станка и для создания отдельных деталей которые на нем изготавливают.

По этому для человека понимающего принципы, но таким спецом не являющимся, ставить кластер «выше» прокатного стана, или стан «выше» кластера, ну или там «ближе к потребителю» это однозначный признак злобного, малолетнего дауна, который в силу юнышеского максимализма и отсутствия ума оперирует крайне простыми конструкциями.

а рассуждения, что новости про «прокатный стан» никому не нужны - не

более чем демагогия...

А еще у вас неадекватное восприятие реальности. Если вы не понимаете как устроены «СМИ» в РФ это ваша личная сексуальная проблема. Благодаря которой, в том числе, у вас неадекватное восприятие этой самой реальности.

Новости про прокатный стан никому не нужны кроме узких профессионалов - это факт. Ваше же мнение о том что они нужны берется от того, что вы считаете что если насильно оторвать человека от дом2 потом насильно обьяснить ему важность прокатных станов, а потом запретить показ дом2 и всего прочего «неправильного» контента, то он таки будет смотреть «добровольно» новости о прокатных станах. То ест ьесли человека три раза поиметь в задницу, грубо выражаясь, появится нужность в новостях о прокатных станах.

Я так и понял. Это неправда. В HPC всё зависит от решаемой задачи, а

именно от 1) количества сообщений и 2) от длины каждого сообщения. Ни

та ни другая информация не была приведена, и посему, делать вывод о

задержке нельзя.

Я в курсе, но это все тонкости. Человек спросил просто - я его просто поправил. Задержка важнее так как высоких скоростей добится проще. Существует множество типов высокоскоростных сетей, маленькой задержкой же (из них в том числе) обладают лишь немногие.

По этому *в просторечии*, задержка важнее.

На сколько мне помнится, иногда используют два интерконнекта - высокопропускную(она же сервисная) и отдельно с малой задержкой.

> Я в курсе, но это все тонкости. Человек спросил просто - я его просто поправил. Задержка важнее так как высоких скоростей добится проще. Существует множество типов высокоскоростных сетей, маленькой задержкой же (из них в том числе) обладают лишь немногие.

Здесь полностью согласен. Похоже, я просто предираюсь и брузжу ;)

На сколько мне помнится, иногда используют два интерконнекта - высокопропускную(она же сервисная) и отдельно с малой задержкой.

BG/P содержит 5 различных сетей, каждая, конечно имеет различные характеристики. Сервисная сеть - вообще Ethernet, используется для загрузки узлов. Ну это так, просто для информации.

Вы вновь невнимательны - речь шла не об информации, а о доступности

технологии (возможность покупки, или что ещё лучше, возможность лицензирования).

Это у вас идет речь о доступности технологии. Меня интересует конкретный кластер конкретного человека, потому что, возможно, я могу получить из информации об этом кластере интересную мне информацию. На блюгены мне плевать, если честно.

Меня они не очень интересует по той причине, например, что там процессоры на одном ASIC с интерконнектом, а те на одной материнке с вычислительными узлами и все это единый большой неразрывный блок. Высоких скоростей и низких задержек там добиваются созданием специальных чипов под конкретный компутер, фактически.

Такие технологии нельзя В ПРИНЦИПЕ отдельно лицензировать. Эти технологии недоступны «для нас», не потому что злые США не дают экономически маленькой но гордой стране расправить крылья(как начинают думать некоторые товарищи после ваших пассажей). А потому что их чисто технически не отодрать от блюгена. Лицензировать их можно только вместе со всей архитектурой, а производить вместе со строительством соотвествующих заводов.

Какая Вам польза от знания того, что аппаратная задержка тора в BG/P - 0.8 us?

Я буду использовать это в своей диссертации, например. Если решу использовать в том числе и какой-нибудь блюген. Но мне гораздо интересней что там стоит у sS.

BG/P содержит 5 различных сетей, каждая, конечно имеет различные

характеристики. Сервисная сеть - вообще Ethernet, используется для загрузки узлов. Ну это так, просто для информации.

Вово - 6 типов сетей от сервисной до разных типов коннектов это конечно совсем наворочено :) То есть фактически, как я понимаю, по сети на каждую группу задач.

> Меня они не очень интересует по той причине, например, что там процессоры на одном ASIC с интерконнектом, а те на одной материнке с вычислительными узлами и все это единый большой неразрывный блок.

Здесь фактически все неверно, но да пусть будет так. Подождем, когда проснется интерес ;)

> Такие технологии нельзя В ПРИНЦИПЕ отдельно лицензировать.

Даже запросто, но не всем. Об том и был разговор. Кстати, PPC440 прекрасно используется в сети Cray SeaStar.

> То есть фактически, как я понимаю, по сети на каждую группу задач.

На каждую группу функций. Например, коллективные операции выполняет широкополосная коллективная сеть.